任佩瑜教授先后主持完成了四十余项国家和省部级以及大中型企业的重大科研项目包括：

1项国家863计划重大项目《基于时空分流导航管理模式的RFID技术在自然生态保护区和地震遗址的应用》（2008AA04A107）；

1项国家自然科学基金重大国际合作项目《面向西部旅游经济与生态环境可持续发展的低碳景区集成管理模式研究》（7102010 7027）；

5项国家自然科学基金项目：《管理效率中的熵函数极其在决策中的应用研究》（79770054）、《中国企业综合评价理论、方法和应用》（70171020）、《管理绩效综合集成评价系统研究—进入WTO后的中国企业核心竞争能力分析》（70141034）、《第二届国际信息与管理科学大会（IMS2003）》（国家自然科学基金国际会议项目）（70317035）、《水电企业流域化、集团化战略管理与上网价格机制研究》（50579101）；

1项国家社科基金项目《中国大型工业企业战略性再造问题研究》（97BJ023）。

任佩瑜教授主持并参与研究了教育部重大攻关项目《西部经济发展与生态环境重建研究》的子项目“西部老工业基地再造研究”以及博士点基金等其他部省级项目5项，同时还主持完成了30余项大中型企业横向项目的研究工作。

主持了4次国际会议，并且在SCI、EI、CSSCI，《管理世界》、《中国工业经济》等国内外重要期刊和国际会议上发表论文120多篇，出版著作15本，获得省部级二等奖励等27项。